شناسایی مولکولی و بررسی فیلوژنی قورباغه های مردابی در جنوب‌ شرق استان تهران با استفاده از توالی ژن srRNA 12 میتوکندریایی

نوع مقاله : مقاله پژوهشی

نویسندگان

1 گروه زیست شناسی، دانشکده علوم زیستی، واحد ورامین- پیشوا، دانشگاه آزاد اسلامی، پیشوا، ایران

2 گروه تحقیق و توسعه ماهیران، شرکت پروتئین گستر سینا، تهران، ایران

3 دانشکده دامپزشکی، واحد علوم و تحقیقات، دانشگاه آزاد اسلامی، تهران، ایران

چکیده

تاکنون اغلب قورباغه های مردابی آب های ایران بر مبنای روش ریخت شناسی مورد شناسایی قرار گرفته اند و تمامی جمعیت قورباغه های مردابی با وجود دامنه گسترده توزیع آن ها به یک گونه واحد به نام Rana (Pelophylax) ridibunda نسبت داده شده اند. بنابراین در این تحقیق شناسایی دقیق تر از قورباغه های مردابی شهرستان های جنوب شرق استان تهران براساس توالی ژن srRNA12 میتوکندریایی مورد بررسی ژنتیکی قرار گرفت. برای این منظور 4 ایستگاه اصلی (پاکدشت، ورامین، قرچک، پیشوا) در جنوب شرق استان تهران انتخاب شد. سپس تعداد 19 عدد نمونه توسط توردستی صید، به ظروف درب دار حاوی الکل منتقل و سپس جهت بررسی های مولکولی به آزمایشگاه منتقل گردیدند. جهت شناسایی مولکولی، استخراج DNA از عضله پا به روش CTAB انجام شد. سپس با استفاده از پرایمر اختصاصی واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت تکثیر توالی ژن srRNA12 میتوکندریایی انجام شد. درخت فیلوژنی تجزیه و تحلیل ماتریس داده ها براساس روش های (Neighbor-joining) و ماکزیمم احتمال (Maximum Likelihood) با استفاده از نرم افزار Mega6 انجام گردید. نتایج بررسی های فیلوژنی نشان داد، دو کلاد اصلی با ضریب حمایت 100 وجود دارد، که یک زیرشاخه متعلق به نمونه های مطالعه حاضر و دیگر گروه مربوط به جمعیت قورباغه های P. bedriagae می باشد. در نتیجه احتمال می رود جمعیت قورباغه های مردابی شرق تهران متعلق به گونه bedriagae P. و یا زیر گونه Pelophylax Sp. باشند که مستلزم بررسی های بیش تر با سایر نشانگرهای مولکولی می باشد.

کلیدواژه‌ها


عنوان مقاله [English]

Molecular identification and study of water Frogs phylogeny in South eastern Tehran province using mitochondrial 12srRNA gene Sequence

نویسندگان [English]

  • Siamak Yousefi Siahkalroodi 1
  • Farideh Chenari 2
  • Mina Babaei 1
  • Mahyar Yousefi Siahkalroodi 3
1 Department of Biology, Faculty of Biological Sciences, Varamin-Pishva Branch, Islamic Azad University, Pishva, Iran
2 Research and Development of mahiran, Protein Gostar Sina co. Tehran, Iran
3 Faculty of Veterinary Medicine, Science and Research Branch, Islamic Azad University, Tehran, Iran
چکیده [English]

Up to now most species of Iranian frogs has been identified morphologically and all populations (albeit their vast distribution) are assigned to Rana (Pelophylax) ridibunda. The main objective of this research was to study frog populations of the South eastern Tehran using mitochondrial 12srRNA sequencing. For this purpose, n=19 water frogs were sampled in four stations (i.e. Pakdasht, Varamin, Gharchak, Pishva). The samples specimens were preserved at 96% ethanol solution and transferred to the laboratory for further analysis. DNA was extracted from leg tissue using CTAB method and the 12srRNA gene was ampilified and sequenced using primers developed by Kocher et al. (1989). The phylogenic tree was drawn using Joining Neighbor and Maximum Likelihood methods in Mega6 software the results indicate that indicated two clads with 100% affinity. The first clade assigned to P. bedriagae populations and the next clade included our samples. In conclusion, the frog populations of Tehran province may be assigned to P. bedriagae or a subspecies. Further research is needed to reveal this.

کلیدواژه‌ها [English]

  • Molecular identification
  • water frogs
  • 12srRNA
  • the eastern of Tehran province